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Summary

Details

Page properties
Content
... ... @@ -1,4 +1,4 @@
1 -= Reporting lab results to TerraIndex for a customer =
1 += Exporting lab results to TerraIndex for a customer =
2 2  
3 3  Returning the labresults to the client, that requested the analysis on samples.
4 4  
... ... @@ -8,7 +8,6 @@
8 8  )))
9 9  
10 10  
11 -{{toc/}}
12 12  
13 13  == What is a Lab result file? ==
14 14  
... ... @@ -15,7 +15,7 @@
15 15  A lab result file is an XML file contains all the lab results. The results are mapped tot their analyses samples. A lab result will be matched to the corresponding analyses sample based on the: “Labassignment Guid/SIKB-ID, projectCode, AnalysisSample Guid/SIKB-ID”
16 16  
17 17  
18 -**Example files**: [[attach:labresult_IndividualGw.xml||rel="noopener noreferrer" target="_blank"]], [[attach:labresult_IndividualGr.xml||rel="noopener noreferrer" target="_blank"]], [[attach:labresult_MixedSampleGr.xml||rel="noopener noreferrer" target="_blank"]]
17 +**Example files**: [[attach:labresultaat_MengmonsterGr.xml||rel="noopener noreferrer" target="_blank"]], [[attach:labresultaat_IndividueelGr.xml||rel="noopener noreferrer" target="_blank"]], [[attach:labresultaat_IndividueelGw.xml||rel="noopener noreferrer" target="_blank"]]
19 19  
20 20  **XSD**: Ask or SIKB Members can download from: [[https:~~/~~/www.sikb.nl/datastandaarden/richtlijnen/sikb0101>>url:https://www.sikb.nl/datastandaarden/richtlijnen/sikb0101]]
21 21  
... ... @@ -47,7 +47,8 @@
47 47  |(% colspan="1" rowspan="1" %)**supplier**|(% colspan="1" rowspan="1" %)The number you get from TerraIndex. This needs to be the same as the laboratorium number in the lab delivery file. Your supplier code can be requested of found here: [[https:~~/~~/codes.sikb.nl/tablet/domain-table-details/dc2ad4df-f958-4146-aee8-31f8c2f1c74b>>https://codes.sikb.nl/tablet/domain-table-details/dc2ad4df-f958-4146-aee8-31f8c2f1c74b]]|(% colspan="1" rowspan="1" %)string
48 48  |(% colspan="1" rowspan="1" %)**dataflow**|(% colspan="1" rowspan="1" %)Should be '1' in this case, what stands voor 'AnalysisResults'. Other option can be found here: [[https:~~/~~/codes.sikb.nl/tablet/domain-table-details/79365ded-f56a-4f10-ba45-16bac69752d9>>https://codes.sikb.nl/tablet/domain-table-details/79365ded-f56a-4f10-ba45-16bac69752d9]]|(% colspan="1" rowspan="1" %)integer
49 49  
50 -=== Labassignment ===
49 +===
50 +Labassignment ===
51 51  
52 52  The labassignment is the same as in the labassignment file: [[Lab assignment file - SIKB0101 v14>>https://wiki.terraindex.com/bin/view/Implementation%20documentation/Setting%20up%20Lab%20communication%20by%20REST%20services%20with%20TerraIndex/Lab%20assignment%20file/#]]
53 53  
... ... @@ -79,6 +79,9 @@
79 79  **customerCode** CharacterString
80 80  )))|Client code or debtor number of the client as known by the laboratory
81 81  
82 +(% class="wikigeneratedid" %)
83 +
84 +
82 82  === LabAssignmentStatus ===
83 83  
84 84  |**Attribute Name**|**Description**
... ... @@ -114,7 +114,7 @@
114 114  Domain table: [[Certification Coding>>https://codes.sikb.nl/tablet/domain-table-details/df7ffd7c-192c-44f7-ae9f-0461d9266b30]]
115 115  )))
116 116  
117 -=== LabAssignmentRequest ===
120 +== LabAssignmentRequest ==
118 118  
119 119  The connection between the labassignment and the samples with analysisrequests, as send in the labassignment.
120 120  
... ... @@ -122,7 +122,7 @@
122 122  Just fill what you can fill, otherwise leave field empty, based on documentation here: [[Labassignment file - SIKB0101 v14>>https://wiki.terraindex.com/bin/view/Implementation%20documentation/Setting%20up%20Lab%20communication%20by%20REST%20services%20with%20TerraIndex/Lab%20assignment%20file/#]]
123 123  
124 124  
125 -=== Project ===
128 +== Project ==
126 126  
127 127  Activity that leads to the collection of soil data, as send in the labassignment.
128 128  It will be used to search the correct project/investiation to bind or create the samples.
... ... @@ -140,7 +140,7 @@
140 140  **projectCode** CharacterString
141 141  )))|The project code of the project where the lab results are for, as send in the labassignment
142 142  
143 -=== Sample (AnalysisSample) ===
146 +== Sample (AnalysisSample) ==
144 144  
145 145  The analysissamples with analysisrequests, as send in the labassignment. The fieldsamples form the labassignment can be skipped in the results file.
146 146  
... ... @@ -182,7 +182,7 @@
182 182  Domaintable: [[Compartiment / Matrix>>url:https://codes.sikb.nl/tablet/domain-table-details/6134f3bb-6048-431d-a130-01290d84172c]]
183 183  )))
184 184  
185 -=== Analysis ===
188 +== Analysis ==
186 186  
187 187  The measured parameter with it's value and process.
188 188  
... ... @@ -202,6 +202,9 @@
202 202  |**result **AnalyticResult|The result of the analysis, see next chapter.
203 203  |**procedure **AnalysisProcess|The process that has been used to measure/determine the result, see next chapter.
204 204  
208 +(% class="wikigeneratedid" %)
209 +
210 +
205 205  === AnalyticResult (inherited from MeasureResult) ===
206 206  
207 207  The actual reported value, result of detection limit.
... ... @@ -255,6 +255,14 @@
255 255  **alphanumericValue** CharacterString
256 256  )))|Textual value associated with an analysis result
257 257  
264 +==== ====
265 +
266 +==== ====
267 +
268 +(% class="wikigeneratedid" %)
269 +
270 +
271 +(% class="wikigeneratedid" %)
258 258  === AnalysisProcess ===
259 259  
260 260  The process that has been used to detemine the measured value or result.
... ... @@ -279,8 +279,9 @@
279 279  Domain table: [[ValuationMethod>>https://codes.sikb.nl/tablet/domain-table-details/04be2365-3d05-4903-a53e-edafef7111e8]]
280 280  )))
281 281  
282 -= What to exchange to bind the results to the correct sample? =
283 283  
297 += What to exchange to bind the right results to the right sample? =
298 +
284 284  The data stream ‘Lab Result’ is the feedback of analysis results on the requested lab assignment at a laboratory. At import we need to bind it onto the correct sample.
285 285  
286 286  This requires importand field to match the samples in the xml to the samples in our database.
... ... @@ -363,8 +363,5 @@
363 363  We can help you with the right combinations and mappings to your own codes.
364 364  
365 365  
366 -= Samples with their Types =
367 367  
368 -For different compartments, the links between samples and analysisResults can differ a little bit.
369 -Below the way the enitity Sample can be filled in the xml.
370 -\\\\
382 +
labresult_IndividualGr.xml
Author
... ... @@ -1,1 +1,0 @@
1 -XWiki.RobinHuisman
Size
... ... @@ -1,1 +1,0 @@
1 -15.3 KB
Content
... ... @@ -1,283 +1,0 @@
1 -<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
2 -<imsikb0101:FeatureCollectionIMSIKB0101 gml:id="LABRESULTAAT" xmlns:imsikb0101="http://www.sikb.nl/imsikb0101" xmlns:immetingen="http://www.sikb.nl/immetingen" xmlns:gco="http://www.isotc211.org/2005/gco" xmlns:gmd="http://www.isotc211.org/2005/gmd" xmlns:gsr="http://www.isotc211.org/2005/gsr" xmlns:gss="http://www.isotc211.org/2005/gss" xmlns:gts="http://www.isotc211.org/2005/gts" xmlns:gml="http://www.opengis.net/gml/3.2" xmlns:om="http://www.opengis.net/om/2.0" xmlns:sam="http://www.opengis.net/sampling/2.0" xmlns:sams="http://www.opengis.net/samplingSpatial/2.0" xmlns:spec="http://www.opengis.net/samplingSpecimen/2.0" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://www.sikb.nl/imsikb0101 file:///C:/dev/SIKB0101_Protocol/XSDs%2014.8.0/imsikb0101_v14.8.0.xsd">
3 - <imsikb0101:metaData>
4 - <imsikb0101:application>urn:imsikb0101:Applicaties:id:1</imsikb0101:application>
5 - <imsikb0101:date>2013-09-07</imsikb0101:date>
6 - <imsikb0101:organisation>The Organization</imsikb0101:organisation>
7 - <imsikb0101:remarks>Example File LABRESULT</imsikb0101:remarks>
8 - <imsikb0101:reportDate>2013-07-07</imsikb0101:reportDate>
9 - <imsikb0101:sender>urn:imsikb0101:Bronhouders:id:54</imsikb0101:sender>
10 - <imsikb0101:supplier>urn:imsikb0101:Leveranciers:id:1</imsikb0101:supplier>
11 - <imsikb0101:version>14.8.0</imsikb0101:version>
12 - <imsikb0101:dataflow>urn:imsikb0101:DatastroomType:id:1</imsikb0101:dataflow>
13 - </imsikb0101:metaData>
14 - <!-- LabAssignment -->
15 - <imsikb0101:featureMember>
16 - <imsikb0101:LabAssignment gml:id="_ac5e3b6d-a0b2-4e26-af89-a2778712ff89">
17 - <imsikb0101:identification>
18 - <immetingen:NEN3610ID>
19 - <immetingen:namespace>www.sikb.nl</immetingen:namespace>
20 - <immetingen:lokaalID>ac5e3b6d-a0b2-4e26-af89-a2778712ff89</immetingen:lokaalID>
21 - </immetingen:NEN3610ID>
22 - </imsikb0101:identification>
23 - <imsikb0101:operatingLab>urn:immetingen:Meetinstantie:id:7</imsikb0101:operatingLab>
24 - <imsikb0101:startTime>2013-04-09T18:22:55</imsikb0101:startTime>
25 - <imsikb0101:customerCode>KN1234</imsikb0101:customerCode>
26 - <imsikb0101:remarks>Remarks about the LabAssignment</imsikb0101:remarks>
27 - <imsikb0101:endTime>2013-04-09T18:22:55</imsikb0101:endTime>
28 - <imsikb0101:belongsToProject xlink:href="#_015c6207-2bed-4f3b-bb40-8ab94079bff5"/>
29 - <imsikb0101:analysisRequest>
30 - <imsikb0101:SampleAnalysisRequest>
31 - <imsikb0101:nameOnLabCertificate>BO01-DM1 (10-50)</imsikb0101:nameOnLabCertificate>
32 - <imsikb0101:certificateOrder>0</imsikb0101:certificateOrder>
33 - <imsikb0101:labSampleType>12</imsikb0101:labSampleType>
34 - <imsikb0101:sampleCertification>urn:immeringen:CertificeringsCode:id:8</imsikb0101:sampleCertification>
35 - <imsikb0101:sample xlink:href="#_b1adf8f7-e0cd-4810-a93e-60580f34b3fa"/>
36 - <imsikb0101:status>
37 - <imsikb0101:LabAssignmentStatus>
38 - <imsikb0101:statusType>urn:immetingen:LabopdrachtStatus:id:5</imsikb0101:statusType>
39 - <imsikb0101:dateExpected>2013-07-28</imsikb0101:dateExpected>
40 - <imsikb0101:remarks>Remarks about the status</imsikb0101:remarks>
41 - </imsikb0101:LabAssignmentStatus>
42 - </imsikb0101:status>
43 - </imsikb0101:SampleAnalysisRequest>
44 - </imsikb0101:analysisRequest>
45 - <imsikb0101:projectLeader xlink:href="#_808ef96a-1323-45f8-bab1-afde379884d5"/>
46 - <imsikb0101:status>
47 - <imsikb0101:LabAssignmentStatus>
48 - <imsikb0101:statusType>urn:immetingen:LabopdrachtStatus:id:6</imsikb0101:statusType>
49 - <imsikb0101:dateExpected>2013-07-28</imsikb0101:dateExpected>
50 - <imsikb0101:remarks>Remarks about the status</imsikb0101:remarks>
51 - </imsikb0101:LabAssignmentStatus>
52 - </imsikb0101:status>
53 - <imsikb0101:certificate>
54 - <imsikb0101:LabAssignmentCertificate>
55 - <imsikb0101:complementOfCertificate>CERT21341</imsikb0101:complementOfCertificate>
56 - <imsikb0101:labCertificateNumber>CERT21342</imsikb0101:labCertificateNumber>
57 - <imsikb0101:certification>urn:immetingen:Certificeringscode:id:4</imsikb0101:certification>
58 - <imsikb0101:labCertificatePdfLink>https://www.example.com/cert/link.pdf</imsikb0101:labCertificatePdfLink>
59 - </imsikb0101:LabAssignmentCertificate>
60 - </imsikb0101:certificate>
61 - </imsikb0101:LabAssignment>
62 - </imsikb0101:featureMember>
63 - <!-- /LabAssignment -->
64 - <!-- Project -->
65 - <imsikb0101:featureMember>
66 - <imsikb0101:Project gml:id="_015c6207-2bed-4f3b-bb40-8ab94079bff5">
67 - <imsikb0101:identification>
68 - <immetingen:NEN3610ID>
69 - <immetingen:namespace>SIKB</immetingen:namespace>
70 - <immetingen:lokaalID>015c6207-2bed-4f3b-bb40-8ab94079bff5</immetingen:lokaalID>
71 - </immetingen:NEN3610ID>
72 - </imsikb0101:identification>
73 - <imsikb0101:name>Name of the project</imsikb0101:name>
74 - <imsikb0101:projectCode>PROJ00238</imsikb0101:projectCode>
75 - </imsikb0101:Project>
76 - </imsikb0101:featureMember>
77 - <!-- /Project -->
78 - <!-- Subject 1-->
79 - <imsikb0101:featureMember>
80 - <immetingen:Person gml:id="_808ef96a-1323-45f8-bab1-afde379884d5">
81 - <immetingen:email>username@example.com</immetingen:email>
82 - <immetingen:fax>+31(0) 88 666222</immetingen:fax>
83 - <immetingen:identification>
84 - <immetingen:NEN3610ID>
85 - <immetingen:namespace>SIKB</immetingen:namespace>
86 - <immetingen:lokaalID>808ef96a-1323-45f8-bab1-afde379884d5</immetingen:lokaalID>
87 - </immetingen:NEN3610ID>
88 - </immetingen:identification>
89 - <immetingen:firstName>Ini</immetingen:firstName>
90 - <immetingen:gender>urn:imsikb0101:geslacht:id:1</immetingen:gender>
91 - <immetingen:lastName>Tials</immetingen:lastName>
92 - <immetingen:middleName/>
93 - <immetingen:initials>I</immetingen:initials>
94 - </immetingen:Person>
95 - </imsikb0101:featureMember>
96 - <!-- /Subject 1-->
97 - <!-- Subject 2 -->
98 - <imsikb0101:featureMember>
99 - <immetingen:Organization gml:id="_4ca84d18-be8b-48f6-8fff-a9073da8db27">
100 - <immetingen:email>info@example.com</immetingen:email>
101 - <immetingen:fax>+31 (0) 88 11111111</immetingen:fax>
102 - <immetingen:identification>
103 - <immetingen:NEN3610ID>
104 - <immetingen:namespace>SIKB</immetingen:namespace>
105 - <immetingen:lokaalID>4ca84d18-be8b-48f6-8fff-a9073da8db27</immetingen:lokaalID>
106 - </immetingen:NEN3610ID>
107 - </immetingen:identification>
108 - <immetingen:mobileNumber>+31 (0)6 123456543</immetingen:mobileNumber>
109 - <immetingen:remarks>Remarks about the Laboratory</immetingen:remarks>
110 - <immetingen:telephoneNumber>+31 (0) 88 callthelab</immetingen:telephoneNumber>
111 - <immetingen:legalentityNumber>092347850</immetingen:legalentityNumber>
112 - <immetingen:name>Laboratory name</immetingen:name>
113 - <immetingen:organisationType>urn:imsikb0101:Betrokkenen:id:29</immetingen:organisationType>
114 - </immetingen:Organization>
115 - </imsikb0101:featureMember>
116 - <!-- /Subject 2 -->
117 - <!-- Sample 1 Analysis Sample -->
118 - <imsikb0101:featureMember>
119 - <imsikb0101:Sample gml:id="_b1adf8f7-e0cd-4810-a93e-60580f34b3fa">
120 - <sam:sampledFeature/>
121 - <sam:relatedObservation xlink:href="#_850d533c-4087-4229-aa81-f916569428ed"/>
122 - <!-- Sub sample 1 / Field sample-->
123 - <sam:relatedSamplingFeature>
124 - <sam:SamplingFeatureComplex>
125 - <sam:role xlink:href="urn:immetingen:RelatedSamplingFeatureRollen:id:10"/>
126 - <sam:relatedSamplingFeature xlink:href="#_4593fd8e-813a-4660-88ad-9e6ea38ca415"/>
127 - </sam:SamplingFeatureComplex>
128 - </sam:relatedSamplingFeature>
129 - <!-- /Sub sample 1 / Field Sample-->
130 - <spec:materialClass xlink:href="urn:immetingen:Compartiment:id:1"/>
131 - <spec:samplingTime>
132 - <gml:TimeInstant gml:id="_89f63e1e-a156-461c-8d77-bbaf108b60a4">
133 - <gml:timePosition>2013-04-12T11:00:00</gml:timePosition>
134 - </gml:TimeInstant>
135 - </spec:samplingTime>
136 - <spec:specimenType xlink:href="urn:immetingen:MonsterType:id:10"/>
137 - <immetingen:identification>
138 - <immetingen:NEN3610ID>
139 - <immetingen:namespace>SIKB</immetingen:namespace>
140 - <immetingen:lokaalID>b1adf8f7-e0cd-4810-a93e-60580f34b3fa</immetingen:lokaalID>
141 - </immetingen:NEN3610ID>
142 - </immetingen:identification>
143 - <immetingen:name>BO1-DM1</immetingen:name>
144 - <imsikb0101:inProject xlink:href="#_015c6207-2bed-4f3b-bb40-8ab94079bff5"/>
145 - </imsikb0101:Sample>
146 - </imsikb0101:featureMember>
147 - <!-- /Sample 1 Analysis Sample-->
148 - <!-- Sample 1 Analysis -->
149 - <imsikb0101:featureMember>
150 - <immetingen:Analysis gml:id="_850d533c-4087-4229-aa81-f916569428ed">
151 - <om:phenomenonTime/>
152 - <om:resultTime xlink:href="#_1645261c-381e-4af2-a7d5-78fc4e73aa78"/>
153 - <om:procedure xlink:href="#_e911262c-d247-4aad-8fea-ae095f62b495"/>
154 - <om:observedProperty/>
155 - <om:featureOfInterest xlink:href="#_b1adf8f7-e0cd-4810-a93e-60580f34b3fa"/>
156 - <om:result xsi:type="immetingen:AnalyticResultType">
157 - <immetingen:numericValue uom="urn:immetingen:Eenheid:id:58">633.2</immetingen:numericValue>
158 - <immetingen:qualityIndicatorType>urn:immetingen:Kwaliteitsoordeel:id:4</immetingen:qualityIndicatorType>
159 - <immetingen:limitSymbol><![CDATA[<]]></immetingen:limitSymbol>
160 - <immetingen:alphanumericValue>&lt; 633,2 mg/kg ds</immetingen:alphanumericValue>
161 - <immetingen:limits>
162 - <immetingen:DeterminationLimits>
163 - <immetingen:detectionLimit uom="urn:immetingen:Eenheid:id:58">615.8</immetingen:detectionLimit>
164 - <immetingen:reportingLimit uom="urn:immetingen:Eenheid:id:58">700</immetingen:reportingLimit>
165 - <immetingen:limitSymbolReferenceCode>urn:immetingen:LimietsymboolReferentie:id:2</immetingen:limitSymbolReferenceCode>
166 - <immetingen:quantitationLimit uom="urn:immetingen:Eenheid:id:58">633.2</immetingen:quantitationLimit>
167 - </immetingen:DeterminationLimits>
168 - </immetingen:limits>
169 - </om:result>
170 - <immetingen:identification>
171 - <immetingen:NEN3610ID>
172 - <immetingen:namespace>SIKB</immetingen:namespace>
173 - <immetingen:lokaalID>850d533c-4087-4229-aa81-f916569428ed</immetingen:lokaalID>
174 - </immetingen:NEN3610ID>
175 - </immetingen:identification>
176 - <immetingen:physicalProperty>
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