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Summary

Details

Page properties
Content
... ... @@ -1,4 +1,4 @@
1 -= Reporting lab results to TerraIndex for a customer =
1 += Exporting lab results to TerraIndex for a customer =
2 2  
3 3  Returning the labresults to the client, that requested the analysis on samples.
4 4  
... ... @@ -8,7 +8,6 @@
8 8  )))
9 9  
10 10  
11 -{{toc/}}
12 12  
13 13  == What is a Lab result file? ==
14 14  
... ... @@ -15,11 +15,11 @@
15 15  A lab result file is an XML file contains all the lab results. The results are mapped tot their analyses samples. A lab result will be matched to the corresponding analyses sample based on the: “Labassignment Guid/SIKB-ID, projectCode, AnalysisSample Guid/SIKB-ID”
16 16  
17 17  
18 -**Example files**: [[attach:labresult_IndividualGw.xml||rel="noopener noreferrer" target="_blank"]], [[attach:labresult_IndividualGr.xml||rel="noopener noreferrer" target="_blank"]], [[attach:labresult_MixedSampleGr.xml||rel="noopener noreferrer" target="_blank"]]
17 +**Example files**: [[attach:labresultaat_MengmonsterGr.xml||rel="noopener noreferrer" target="_blank"]], [[attach:labresultaat_IndividueelGr.xml||rel="noopener noreferrer" target="_blank"]], [[attach:labresultaat_IndividueelGw.xml||rel="noopener noreferrer" target="_blank"]]
19 19  
20 20  **XSD**: Ask or SIKB Members can download from: [[https:~~/~~/www.sikb.nl/datastandaarden/richtlijnen/sikb0101>>url:https://www.sikb.nl/datastandaarden/richtlijnen/sikb0101]]
21 21  
22 -**Controle XSLT**: [[attach:Labresult_Controle.xsl||rel="noopener noreferrer" target="_blank"]]
21 +**Controle XSLT**: [[attach:Labresult_Controle.xsl||rel=" noopener noreferrer" target="_blank"]]
23 23  
24 24  **Domaintable files**: [[immetingen lookup v14.8.0.xml>>url:https://wiki.terraindex.com/bin/download/Implementation%20documentation/Setting%20up%20Lab%20communication%20by%20REST%20services%20with%20TerraIndex/Lab%20assignment%20file/WebHome/immetingen%20lookup%20v14.8.0.xml?rev=1.2]]   [[imsikb0101 lookup v14.8.0.xml>>url:https://wiki.terraindex.com/bin/download/Implementation%20documentation/Setting%20up%20Lab%20communication%20by%20REST%20services%20with%20TerraIndex/Lab%20assignment%20file/WebHome/imsikb0101%20lookup%20v14.8.0.xml?rev=1.1]]
25 25  extracted from: **[[https:~~/~~/codes.sikb.nl>>url:https://codes.sikb.nl/]] **
... ... @@ -47,38 +47,18 @@
47 47  |(% colspan="1" rowspan="1" %)**supplier**|(% colspan="1" rowspan="1" %)The number you get from TerraIndex. This needs to be the same as the laboratorium number in the lab delivery file. Your supplier code can be requested of found here: [[https:~~/~~/codes.sikb.nl/tablet/domain-table-details/dc2ad4df-f958-4146-aee8-31f8c2f1c74b>>https://codes.sikb.nl/tablet/domain-table-details/dc2ad4df-f958-4146-aee8-31f8c2f1c74b]]|(% colspan="1" rowspan="1" %)string
48 48  |(% colspan="1" rowspan="1" %)**dataflow**|(% colspan="1" rowspan="1" %)Should be '1' in this case, what stands voor 'AnalysisResults'. Other option can be found here: [[https:~~/~~/codes.sikb.nl/tablet/domain-table-details/79365ded-f56a-4f10-ba45-16bac69752d9>>https://codes.sikb.nl/tablet/domain-table-details/79365ded-f56a-4f10-ba45-16bac69752d9]]|(% colspan="1" rowspan="1" %)integer
49 49  
50 -=== Labassignment ===
49 +===
50 +Labassignment ===
51 51  
52 52  The labassignment is the same as in the labassignment file: [[Lab assignment file - SIKB0101 v14>>https://wiki.terraindex.com/bin/view/Implementation%20documentation/Setting%20up%20Lab%20communication%20by%20REST%20services%20with%20TerraIndex/Lab%20assignment%20file/#]]
53 53  
54 -With 3 differences/additions:
54 +With 3 differences:
55 55  
56 56  * Status on the labassignment itself
57 57  * Status on the labassignment.sample link
58 58  * The labassignment Report number can be send in: LabAssignmentCertificate
59 59  
60 -|**Attribute**|**Notes**
61 -|(((
62 -**identification** NEN3610ID
63 -)))|(((
64 -A unique code that is created when the object is created for the first time.
65 -)))
66 -|(((
67 -**operatingLab** GenericName
68 68  
69 -
70 -)))|(((
71 -Code of the laboratory to which the assignment is assigned.
72 -
73 -Domaintable: [[Meetinstantie / Measuring Company>>url:https://codes.sikb.nl/tablet/domain-table-details/4e270f0a-cefe-446e-9d4d-6666c91180a8]]
74 -)))
75 -|(((
76 -**startTime** DateTime
77 -)))|Dispatch date of the lab assignment
78 -|(((
79 -**customerCode** CharacterString
80 -)))|Client code or debtor number of the client as known by the laboratory
81 -
82 82  === LabAssignmentStatus ===
83 83  
84 84  |**Attribute Name**|**Description**
... ... @@ -114,7 +114,7 @@
114 114  Domain table: [[Certification Coding>>https://codes.sikb.nl/tablet/domain-table-details/df7ffd7c-192c-44f7-ae9f-0461d9266b30]]
115 115  )))
116 116  
117 -=== LabAssignmentRequest ===
96 +== LabAssignmentRequest ==
118 118  
119 119  The connection between the labassignment and the samples with analysisrequests, as send in the labassignment.
120 120  
... ... @@ -122,7 +122,7 @@
122 122  Just fill what you can fill, otherwise leave field empty, based on documentation here: [[Labassignment file - SIKB0101 v14>>https://wiki.terraindex.com/bin/view/Implementation%20documentation/Setting%20up%20Lab%20communication%20by%20REST%20services%20with%20TerraIndex/Lab%20assignment%20file/#]]
123 123  
124 124  
125 -=== Project ===
104 +== Project ==
126 126  
127 127  Activity that leads to the collection of soil data, as send in the labassignment.
128 128  It will be used to search the correct project/investiation to bind or create the samples.
... ... @@ -140,8 +140,9 @@
140 140  **projectCode** CharacterString
141 141  )))|The project code of the project where the lab results are for, as send in the labassignment
142 142  
143 -=== Sample (AnalysisSample) ===
144 144  
123 +== Sample (AnalysisSample) ==
124 +
145 145  The analysissamples with analysisrequests, as send in the labassignment. The fieldsamples form the labassignment can be skipped in the results file.
146 146  
147 147  If not retreived in a labassignment, make it yourself so we can import is as new analysissamples.
... ... @@ -155,7 +155,7 @@
155 155  |**Attribute**|**Notes**
156 156  |(((
157 157  **identification** NEN3610ID
158 -)))|The unique identifier of TerraIndex for the analyses sample, to keep this value unique forever in the whole exchange chain.
138 +)))|The unique identifier of TerraIndex for the analyses sample
159 159  |(((
160 160  **name** CharacterString
161 161  
... ... @@ -182,29 +182,25 @@
182 182  Domaintable: [[Compartiment / Matrix>>url:https://codes.sikb.nl/tablet/domain-table-details/6134f3bb-6048-431d-a130-01290d84172c]]
183 183  )))
184 184  
185 -=== Analysis ===
186 186  
187 -The measured parameter with it's value and process.
166 +== Analysis ==
188 188  
189 189  |**Attribute Name**|**Description**
190 190  |(((
191 191  **identification** NEN3610ID
192 -)))|The unique identifier of the AnalysisResult, to keep this value unique forever in the whole exchange chain.
193 -If not possible to store this in the Lims, generate on the fly.
194 -(% class="info" %)|(((
171 +)))|The unique identifier of the Project in TerraIndex and in the whole Exchange Chain, as send in the labassignment
172 +|(((
195 195  **physicalProperty **PhysicalProperty
196 196  )))|(((
197 197  The combination of Quantity, Parameter and Condition to provide the parameter that has been measured.
198 -**[[See this chapter for the combinations, and the CAS-NR's. >>https://wiki.terraindex.com/bin/view/Implementation%20documentation/Setting%20up%20Lab%20communication%20by%20REST%20services%20with%20TerraIndex/Lab%20result%20file/#HSIKB14Parameterresultcombinations]]**
176 +See this chapter for the combinations, and the CAS-NR's.
199 199  
200 200  
201 201  )))
202 -|**result **AnalyticResult|The result of the analysis, see next chapter.
203 -|**procedure **AnalysisProcess|The process that has been used to measure/determine the result, see next chapter.
180 +| |
204 204  
205 205  === AnalyticResult (inherited from MeasureResult) ===
206 206  
207 -The actual reported value, result of detection limit.
208 208  
209 209  |**Attribute Name**|**Description**
210 210  |(((
... ... @@ -255,32 +255,12 @@
255 255  **alphanumericValue** CharacterString
256 256  )))|Textual value associated with an analysis result
257 257  
258 -=== AnalysisProcess ===
234 +==== ====
259 259  
260 -The process that has been used to detemine the measured value or result.
236 +==== ====
261 261  
262 -|**Attribute Name**|**Description**
263 -|(((
264 -**identification** NEN3610ID
265 -)))|The unique identifier of the AnalysisProcess, it can be bound to multiple results at once.
266 -|**analyticalTechnique **GenericName|(((
267 -The used analytical technique to detemine the result.
238 += What to exchange to bind the right results to the right sample? =
268 268  
269 -Domain table: [[AnalyticalTechnique>>https://codes.sikb.nl/tablet/domain-table-details/04be2365-3d05-4903-a53e-edafef7111e8]]
270 -)))
271 -|**certification **GenericName|(((
272 -The used certification to detemine the result.
273 -
274 -Domain table: [[CertificationCode>>https://codes.sikb.nl/tablet/domain-table-details/04be2365-3d05-4903-a53e-edafef7111e8]]
275 -)))
276 -|**valuationMethod **GenericName|(((
277 -The used valuation method to detemine the result.
278 -
279 -Domain table: [[ValuationMethod>>https://codes.sikb.nl/tablet/domain-table-details/04be2365-3d05-4903-a53e-edafef7111e8]]
280 -)))
281 -
282 -= What to exchange to bind the results to the correct sample? =
283 -
284 284  The data stream ‘Lab Result’ is the feedback of analysis results on the requested lab assignment at a laboratory. At import we need to bind it onto the correct sample.
285 285  
286 286  This requires importand field to match the samples in the xml to the samples in our database.
... ... @@ -318,6 +318,7 @@
318 318  * If Project is found, but the analysis sample is not; then this analysis sample is imported as a new analysis sample with all results.
319 319  * (If it concerns water samples, a new fictional/temporary measuring point and filter could be created.)
320 320  
277 +
321 321  = SIKB 14 Parameter result combinations =
322 322  
323 323  In the SIKB0101 version 14 exchange of **__labresults is combination needed __**for exchanging the result parameters of the Lab analysis.
... ... @@ -363,8 +363,5 @@
363 363  We can help you with the right combinations and mappings to your own codes.
364 364  
365 365  
366 -= Samples with their Types =
367 367  
368 -For different compartments, the links between samples and analysisResults can differ a little bit.
369 -Below the way the enitity Sample can be filled in the xml.
370 -\\\\
324 +
labresult_IndividualGr.xml
Author
... ... @@ -1,1 +1,0 @@
1 -XWiki.RobinHuisman
Size
... ... @@ -1,1 +1,0 @@
1 -15.3 KB
Content
... ... @@ -1,283 +1,0 @@
1 -<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
2 -<imsikb0101:FeatureCollectionIMSIKB0101 gml:id="LABRESULTAAT" xmlns:imsikb0101="http://www.sikb.nl/imsikb0101" xmlns:immetingen="http://www.sikb.nl/immetingen" xmlns:gco="http://www.isotc211.org/2005/gco" xmlns:gmd="http://www.isotc211.org/2005/gmd" xmlns:gsr="http://www.isotc211.org/2005/gsr" xmlns:gss="http://www.isotc211.org/2005/gss" xmlns:gts="http://www.isotc211.org/2005/gts" xmlns:gml="http://www.opengis.net/gml/3.2" xmlns:om="http://www.opengis.net/om/2.0" xmlns:sam="http://www.opengis.net/sampling/2.0" xmlns:sams="http://www.opengis.net/samplingSpatial/2.0" xmlns:spec="http://www.opengis.net/samplingSpecimen/2.0" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://www.sikb.nl/imsikb0101 file:///C:/dev/SIKB0101_Protocol/XSDs%2014.8.0/imsikb0101_v14.8.0.xsd">
3 - <imsikb0101:metaData>
4 - <imsikb0101:application>urn:imsikb0101:Applicaties:id:1</imsikb0101:application>
5 - <imsikb0101:date>2013-09-07</imsikb0101:date>
6 - <imsikb0101:organisation>The Organization</imsikb0101:organisation>
7 - <imsikb0101:remarks>Example File LABRESULT</imsikb0101:remarks>
8 - <imsikb0101:reportDate>2013-07-07</imsikb0101:reportDate>
9 - <imsikb0101:sender>urn:imsikb0101:Bronhouders:id:54</imsikb0101:sender>
10 - <imsikb0101:supplier>urn:imsikb0101:Leveranciers:id:1</imsikb0101:supplier>
11 - <imsikb0101:version>14.8.0</imsikb0101:version>
12 - <imsikb0101:dataflow>urn:imsikb0101:DatastroomType:id:1</imsikb0101:dataflow>
13 - </imsikb0101:metaData>
14 - <!-- LabAssignment -->
15 - <imsikb0101:featureMember>
16 - <imsikb0101:LabAssignment gml:id="_ac5e3b6d-a0b2-4e26-af89-a2778712ff89">
17 - <imsikb0101:identification>
18 - <immetingen:NEN3610ID>
19 - <immetingen:namespace>www.sikb.nl</immetingen:namespace>
20 - <immetingen:lokaalID>ac5e3b6d-a0b2-4e26-af89-a2778712ff89</immetingen:lokaalID>
21 - </immetingen:NEN3610ID>
22 - </imsikb0101:identification>
23 - <imsikb0101:operatingLab>urn:immetingen:Meetinstantie:id:7</imsikb0101:operatingLab>
24 - <imsikb0101:startTime>2013-04-09T18:22:55</imsikb0101:startTime>
25 - <imsikb0101:customerCode>KN1234</imsikb0101:customerCode>
26 - <imsikb0101:remarks>Remarks about the LabAssignment</imsikb0101:remarks>
27 - <imsikb0101:endTime>2013-04-09T18:22:55</imsikb0101:endTime>
28 - <imsikb0101:belongsToProject xlink:href="#_015c6207-2bed-4f3b-bb40-8ab94079bff5"/>
29 - <imsikb0101:analysisRequest>
30 - <imsikb0101:SampleAnalysisRequest>
31 - <imsikb0101:nameOnLabCertificate>BO01-DM1 (10-50)</imsikb0101:nameOnLabCertificate>
32 - <imsikb0101:certificateOrder>0</imsikb0101:certificateOrder>
33 - <imsikb0101:labSampleType>12</imsikb0101:labSampleType>
34 - <imsikb0101:sampleCertification>urn:immeringen:CertificeringsCode:id:8</imsikb0101:sampleCertification>
35 - <imsikb0101:sample xlink:href="#_b1adf8f7-e0cd-4810-a93e-60580f34b3fa"/>
36 - <imsikb0101:status>
37 - <imsikb0101:LabAssignmentStatus>
38 - <imsikb0101:statusType>urn:immetingen:LabopdrachtStatus:id:5</imsikb0101:statusType>
39 - <imsikb0101:dateExpected>2013-07-28</imsikb0101:dateExpected>
40 - <imsikb0101:remarks>Remarks about the status</imsikb0101:remarks>
41 - </imsikb0101:LabAssignmentStatus>
42 - </imsikb0101:status>
43 - </imsikb0101:SampleAnalysisRequest>
44 - </imsikb0101:analysisRequest>
45 - <imsikb0101:projectLeader xlink:href="#_808ef96a-1323-45f8-bab1-afde379884d5"/>
46 - <imsikb0101:status>
47 - <imsikb0101:LabAssignmentStatus>
48 - <imsikb0101:statusType>urn:immetingen:LabopdrachtStatus:id:6</imsikb0101:statusType>
49 - <imsikb0101:dateExpected>2013-07-28</imsikb0101:dateExpected>
50 - <imsikb0101:remarks>Remarks about the status</imsikb0101:remarks>
51 - </imsikb0101:LabAssignmentStatus>
52 - </imsikb0101:status>
53 - <imsikb0101:certificate>
54 - <imsikb0101:LabAssignmentCertificate>
55 - <imsikb0101:complementOfCertificate>CERT21341</imsikb0101:complementOfCertificate>
56 - <imsikb0101:labCertificateNumber>CERT21342</imsikb0101:labCertificateNumber>
57 - <imsikb0101:certification>urn:immetingen:Certificeringscode:id:4</imsikb0101:certification>
58 - <imsikb0101:labCertificatePdfLink>https://www.example.com/cert/link.pdf</imsikb0101:labCertificatePdfLink>
59 - </imsikb0101:LabAssignmentCertificate>
60 - </imsikb0101:certificate>
61 - </imsikb0101:LabAssignment>
62 - </imsikb0101:featureMember>
63 - <!-- /LabAssignment -->
64 - <!-- Project -->
65 - <imsikb0101:featureMember>
66 - <imsikb0101:Project gml:id="_015c6207-2bed-4f3b-bb40-8ab94079bff5">
67 - <imsikb0101:identification>
68 - <immetingen:NEN3610ID>
69 - <immetingen:namespace>SIKB</immetingen:namespace>
70 - <immetingen:lokaalID>015c6207-2bed-4f3b-bb40-8ab94079bff5</immetingen:lokaalID>
71 - </immetingen:NEN3610ID>
72 - </imsikb0101:identification>
73 - <imsikb0101:name>Name of the project</imsikb0101:name>
74 - <imsikb0101:projectCode>PROJ00238</imsikb0101:projectCode>
75 - </imsikb0101:Project>
76 - </imsikb0101:featureMember>
77 - <!-- /Project -->
78 - <!-- Subject 1-->
79 - <imsikb0101:featureMember>
80 - <immetingen:Person gml:id="_808ef96a-1323-45f8-bab1-afde379884d5">
81 - <immetingen:email>username@example.com</immetingen:email>
82 - <immetingen:fax>+31(0) 88 666222</immetingen:fax>
83 - <immetingen:identification>
84 - <immetingen:NEN3610ID>
85 - <immetingen:namespace>SIKB</immetingen:namespace>
86 - <immetingen:lokaalID>808ef96a-1323-45f8-bab1-afde379884d5</immetingen:lokaalID>
87 - </immetingen:NEN3610ID>
88 - </immetingen:identification>
89 - <immetingen:firstName>Ini</immetingen:firstName>
90 - <immetingen:gender>urn:imsikb0101:geslacht:id:1</immetingen:gender>
91 - <immetingen:lastName>Tials</immetingen:lastName>
92 - <immetingen:middleName/>
93 - <immetingen:initials>I</immetingen:initials>
94 - </immetingen:Person>
95 - </imsikb0101:featureMember>
96 - <!-- /Subject 1-->
97 - <!-- Subject 2 -->
98 - <imsikb0101:featureMember>
99 - <immetingen:Organization gml:id="_4ca84d18-be8b-48f6-8fff-a9073da8db27">
100 - <immetingen:email>info@example.com</immetingen:email>
101 - <immetingen:fax>+31 (0) 88 11111111</immetingen:fax>
102 - <immetingen:identification>
103 - <immetingen:NEN3610ID>
104 - <immetingen:namespace>SIKB</immetingen:namespace>
105 - <immetingen:lokaalID>4ca84d18-be8b-48f6-8fff-a9073da8db27</immetingen:lokaalID>
106 - </immetingen:NEN3610ID>
107 - </immetingen:identification>
108 - <immetingen:mobileNumber>+31 (0)6 123456543</immetingen:mobileNumber>
109 - <immetingen:remarks>Remarks about the Laboratory</immetingen:remarks>
110 - <immetingen:telephoneNumber>+31 (0) 88 callthelab</immetingen:telephoneNumber>
111 - <immetingen:legalentityNumber>092347850</immetingen:legalentityNumber>
112 - <immetingen:name>Laboratory name</immetingen:name>
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347 -

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