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Summary

Details

Page properties
Content
... ... @@ -1,4 +1,4 @@
1 -= Exporting lab results to TerraIndex for a customer =
1 += Reporting lab results to TerraIndex for a customer =
2 2  
3 3  Returning the labresults to the client, that requested the analysis on samples.
4 4  
... ... @@ -8,6 +8,7 @@
8 8  )))
9 9  
10 10  
11 +{{toc/}}
11 11  
12 12  == What is a Lab result file? ==
13 13  
... ... @@ -14,11 +14,11 @@
14 14  A lab result file is an XML file contains all the lab results. The results are mapped tot their analyses samples. A lab result will be matched to the corresponding analyses sample based on the: “Labassignment Guid/SIKB-ID, projectCode, AnalysisSample Guid/SIKB-ID”
15 15  
16 16  
17 -**Example files**: [[attach:labresultaat_MengmonsterGr.xml||rel="noopener noreferrer" target="_blank"]], [[attach:labresultaat_IndividueelGr.xml||rel="noopener noreferrer" target="_blank"]], [[attach:labresultaat_IndividueelGw.xml||rel="noopener noreferrer" target="_blank"]]
18 +**Example files**: [[attach:labresult_IndividualGw.xml||rel="noopener noreferrer" target="_blank"]], [[attach:labresult_IndividualGr.xml||rel="noopener noreferrer" target="_blank"]], [[attach:labresult_MixedSampleGr.xml||rel="noopener noreferrer" target="_blank"]]
18 18  
19 19  **XSD**: Ask or SIKB Members can download from: [[https:~~/~~/www.sikb.nl/datastandaarden/richtlijnen/sikb0101>>url:https://www.sikb.nl/datastandaarden/richtlijnen/sikb0101]]
20 20  
21 -**Controle XSLT**: [[attach:Labresult_Controle.xsl||rel=" noopener noreferrer" target="_blank"]]
22 +**Controle XSLT**: [[attach:Labresult_Controle.xsl||rel="noopener noreferrer" target="_blank"]]
22 22  
23 23  **Domaintable files**: [[immetingen lookup v14.8.0.xml>>url:https://wiki.terraindex.com/bin/download/Implementation%20documentation/Setting%20up%20Lab%20communication%20by%20REST%20services%20with%20TerraIndex/Lab%20assignment%20file/WebHome/immetingen%20lookup%20v14.8.0.xml?rev=1.2]]   [[imsikb0101 lookup v14.8.0.xml>>url:https://wiki.terraindex.com/bin/download/Implementation%20documentation/Setting%20up%20Lab%20communication%20by%20REST%20services%20with%20TerraIndex/Lab%20assignment%20file/WebHome/imsikb0101%20lookup%20v14.8.0.xml?rev=1.1]]
24 24  extracted from: **[[https:~~/~~/codes.sikb.nl>>url:https://codes.sikb.nl/]] **
... ... @@ -46,18 +46,38 @@
46 46  |(% colspan="1" rowspan="1" %)**supplier**|(% colspan="1" rowspan="1" %)The number you get from TerraIndex. This needs to be the same as the laboratorium number in the lab delivery file. Your supplier code can be requested of found here: [[https:~~/~~/codes.sikb.nl/tablet/domain-table-details/dc2ad4df-f958-4146-aee8-31f8c2f1c74b>>https://codes.sikb.nl/tablet/domain-table-details/dc2ad4df-f958-4146-aee8-31f8c2f1c74b]]|(% colspan="1" rowspan="1" %)string
47 47  |(% colspan="1" rowspan="1" %)**dataflow**|(% colspan="1" rowspan="1" %)Should be '1' in this case, what stands voor 'AnalysisResults'. Other option can be found here: [[https:~~/~~/codes.sikb.nl/tablet/domain-table-details/79365ded-f56a-4f10-ba45-16bac69752d9>>https://codes.sikb.nl/tablet/domain-table-details/79365ded-f56a-4f10-ba45-16bac69752d9]]|(% colspan="1" rowspan="1" %)integer
48 48  
49 -===
50 -Labassignment ===
50 +=== Labassignment ===
51 51  
52 52  The labassignment is the same as in the labassignment file: [[Lab assignment file - SIKB0101 v14>>https://wiki.terraindex.com/bin/view/Implementation%20documentation/Setting%20up%20Lab%20communication%20by%20REST%20services%20with%20TerraIndex/Lab%20assignment%20file/#]]
53 53  
54 -With 3 differences:
54 +With 3 differences/additions:
55 55  
56 56  * Status on the labassignment itself
57 57  * Status on the labassignment.sample link
58 58  * The labassignment Report number can be send in: LabAssignmentCertificate
59 59  
60 +|**Attribute**|**Notes**
61 +|(((
62 +**identification** NEN3610ID
63 +)))|(((
64 +A unique code that is created when the object is created for the first time.
65 +)))
66 +|(((
67 +**operatingLab** GenericName
60 60  
69 +
70 +)))|(((
71 +Code of the laboratory to which the assignment is assigned.
72 +
73 +Domaintable: [[Meetinstantie / Measuring Company>>url:https://codes.sikb.nl/tablet/domain-table-details/4e270f0a-cefe-446e-9d4d-6666c91180a8]]
74 +)))
75 +|(((
76 +**startTime** DateTime
77 +)))|Dispatch date of the lab assignment
78 +|(((
79 +**customerCode** CharacterString
80 +)))|Client code or debtor number of the client as known by the laboratory
81 +
61 61  === LabAssignmentStatus ===
62 62  
63 63  |**Attribute Name**|**Description**
... ... @@ -93,7 +93,7 @@
93 93  Domain table: [[Certification Coding>>https://codes.sikb.nl/tablet/domain-table-details/df7ffd7c-192c-44f7-ae9f-0461d9266b30]]
94 94  )))
95 95  
96 -== LabAssignmentRequest ==
117 +=== LabAssignmentRequest ===
97 97  
98 98  The connection between the labassignment and the samples with analysisrequests, as send in the labassignment.
99 99  
... ... @@ -101,7 +101,7 @@
101 101  Just fill what you can fill, otherwise leave field empty, based on documentation here: [[Labassignment file - SIKB0101 v14>>https://wiki.terraindex.com/bin/view/Implementation%20documentation/Setting%20up%20Lab%20communication%20by%20REST%20services%20with%20TerraIndex/Lab%20assignment%20file/#]]
102 102  
103 103  
104 -== Project ==
125 +=== Project ===
105 105  
106 106  Activity that leads to the collection of soil data, as send in the labassignment.
107 107  It will be used to search the correct project/investiation to bind or create the samples.
... ... @@ -119,9 +119,8 @@
119 119  **projectCode** CharacterString
120 120  )))|The project code of the project where the lab results are for, as send in the labassignment
121 121  
143 +=== Sample (AnalysisSample) ===
122 122  
123 -== Sample (AnalysisSample) ==
124 -
125 125  The analysissamples with analysisrequests, as send in the labassignment. The fieldsamples form the labassignment can be skipped in the results file.
126 126  
127 127  If not retreived in a labassignment, make it yourself so we can import is as new analysissamples.
... ... @@ -135,7 +135,7 @@
135 135  |**Attribute**|**Notes**
136 136  |(((
137 137  **identification** NEN3610ID
138 -)))|The unique identifier of TerraIndex for the analyses sample
158 +)))|The unique identifier of TerraIndex for the analyses sample, to keep this value unique forever in the whole exchange chain.
139 139  |(((
140 140  **name** CharacterString
141 141  
... ... @@ -162,25 +162,29 @@
162 162  Domaintable: [[Compartiment / Matrix>>url:https://codes.sikb.nl/tablet/domain-table-details/6134f3bb-6048-431d-a130-01290d84172c]]
163 163  )))
164 164  
185 +=== Analysis ===
165 165  
166 -== Analysis ==
187 +The measured parameter with it's value and process.
167 167  
168 168  |**Attribute Name**|**Description**
169 169  |(((
170 170  **identification** NEN3610ID
171 -)))|The unique identifier of the Project in TerraIndex and in the whole Exchange Chain, as send in the labassignment
172 -|(((
192 +)))|The unique identifier of the AnalysisResult, to keep this value unique forever in the whole exchange chain.
193 +If not possible to store this in the Lims, generate on the fly.
194 +(% class="info" %)|(((
173 173  **physicalProperty **PhysicalProperty
174 174  )))|(((
175 175  The combination of Quantity, Parameter and Condition to provide the parameter that has been measured.
176 -See this chapter for the combinations, and the CAS-NR's.
198 +**[[See this chapter for the combinations, and the CAS-NR's. >>https://wiki.terraindex.com/bin/view/Implementation%20documentation/Setting%20up%20Lab%20communication%20by%20REST%20services%20with%20TerraIndex/Lab%20result%20file/#HSIKB14Parameterresultcombinations]]**
177 177  
178 178  
179 179  )))
180 -| |
202 +|**result **AnalyticResult|The result of the analysis, see next chapter.
203 +|**procedure **AnalysisProcess|The process that has been used to measure/determine the result, see next chapter.
181 181  
182 182  === AnalyticResult (inherited from MeasureResult) ===
183 183  
207 +The actual reported value, result of detection limit.
184 184  
185 185  |**Attribute Name**|**Description**
186 186  |(((
... ... @@ -231,12 +231,32 @@
231 231  **alphanumericValue** CharacterString
232 232  )))|Textual value associated with an analysis result
233 233  
234 -==== ====
258 +=== AnalysisProcess ===
235 235  
236 -==== ====
260 +The process that has been used to detemine the measured value or result.
237 237  
238 -= What to exchange to bind the right results to the right sample? =
262 +|**Attribute Name**|**Description**
263 +|(((
264 +**identification** NEN3610ID
265 +)))|The unique identifier of the AnalysisProcess, it can be bound to multiple results at once.
266 +|**analyticalTechnique **GenericName|(((
267 +The used analytical technique to detemine the result.
239 239  
269 +Domain table: [[AnalyticalTechnique>>https://codes.sikb.nl/tablet/domain-table-details/04be2365-3d05-4903-a53e-edafef7111e8]]
270 +)))
271 +|**certification **GenericName|(((
272 +The used certification to detemine the result.
273 +
274 +Domain table: [[CertificationCode>>https://codes.sikb.nl/tablet/domain-table-details/04be2365-3d05-4903-a53e-edafef7111e8]]
275 +)))
276 +|**valuationMethod **GenericName|(((
277 +The used valuation method to detemine the result.
278 +
279 +Domain table: [[ValuationMethod>>https://codes.sikb.nl/tablet/domain-table-details/04be2365-3d05-4903-a53e-edafef7111e8]]
280 +)))
281 +
282 += What to exchange to bind the results to the correct sample? =
283 +
240 240  The data stream ‘Lab Result’ is the feedback of analysis results on the requested lab assignment at a laboratory. At import we need to bind it onto the correct sample.
241 241  
242 242  This requires importand field to match the samples in the xml to the samples in our database.
... ... @@ -274,7 +274,6 @@
274 274  * If Project is found, but the analysis sample is not; then this analysis sample is imported as a new analysis sample with all results.
275 275  * (If it concerns water samples, a new fictional/temporary measuring point and filter could be created.)
276 276  
277 -
278 278  = SIKB 14 Parameter result combinations =
279 279  
280 280  In the SIKB0101 version 14 exchange of **__labresults is combination needed __**for exchanging the result parameters of the Lab analysis.
... ... @@ -315,10 +315,36 @@
315 315  |cyanide-complex|2595|2720|(massa)Concentratie|8|Niet van toepassing
316 316  |som 29 dioxines (TEQ)|2160|2720|(massa)Concentratie|10|uitgedrukt in Toxiciteit equivalenten
317 317  
318 -__**Full combinations sheet:  **__[[attach:Full List of AnalysisResult combinations 04-2024.xlsx||rel="noopener noreferrer" target="_blank"]]
361 +(% class="box successmessage" %)
362 +(((
363 +**DOWNLOAD EXCELSHEET**
364 +\\Full combinations sheet:**__ [[attach:Full List of AnalysisResult combinations 10-2024.xlsx||rel="noopener noreferrer" target="_blank"]]__**
365 +)))
319 319  
320 320  We can help you with the right combinations and mappings to your own codes.
321 321  
322 322  
370 += Samples with their Types =
323 323  
324 -
372 +For different compartments, the links between samples and analysisResults can differ a little bit.
373 +Below the way the enitity Sample can be filled in the xml.
374 +
375 +|(% colspan="4" %)**Soil Samples**| | | |
376 +|(% colspan="8" %)-          **FieldSample – BO01-1**, matrix = GR     (SampleType = 1)
377 +|(% colspan="7" %)o   Container – Jar BO01-1, barcode: fdmsakfds|
378 +|(% colspan="6" %)o   Link to AnalysisSample: M1| |
379 +|(% colspan="8" %)-          **AnalysisSample – M1**, matrix = GR     (SampleType = 10)
380 +|(% colspan="6" %)o   Link  to SubSample: BO01-1| |
381 +|(% colspan="4" %)o   Labanalysis Requests| | | |
382 +|(% colspan="4" %)o   LabResults| | | |
383 +| | | | | | | |
384 +|(% colspan="5" %)**Water Samples (with multiple bottles) / Air Sample**| | |
385 +|(% colspan="8" %)-          **FieldSample – WA1**, matrix = GW     (SampleType = 1)
386 +|(% colspan="7" %)o   Container – Bottle WA1-1, barcode: dfsfdslasd|
387 +|(% colspan="7" %)o   Container – Bottle WA1-2, barcode: fdsvfdsvfs|
388 +|(% colspan="7" %)o   Container – Bottle WA1-3, barcode: kjhgfvvxx|
389 +|(% colspan="7" %)o   Link to AnalysisSample: WA1_Sample|
390 +|(% colspan="8" %)-          **AnalysisSample – WA1_Sample**, matrix = GW     (SampleType = 10)
391 +|(% colspan="6" %)o  Link  to SubSample: WA1| |
392 +|(% colspan="4" %)o   Labanalysis Requests| | | |
393 +|(% colspan="4" %)o   LabResults| | | |
Full List of AnalysisResult combinations 02-2025.xlsx
Author
... ... @@ -1,0 +1,1 @@
1 +XWiki.RobinHuisman
Size
... ... @@ -1,0 +1,1 @@
1 +1.9 MB
Content
Full List of AnalysisResult combinations 10-2024.xlsx
Author
... ... @@ -1,0 +1,1 @@
1 +XWiki.RobinHuisman
Size
... ... @@ -1,0 +1,1 @@
1 +1.8 MB
Content
labresult_IndividualGr.xml
Author
... ... @@ -1,0 +1,1 @@
1 +XWiki.RobinHuisman
Size
... ... @@ -1,0 +1,1 @@
1 +15.3 KB
Content
... ... @@ -1,0 +1,283 @@
1 +<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
2 +<imsikb0101:FeatureCollectionIMSIKB0101 gml:id="LABRESULTAAT" xmlns:imsikb0101="http://www.sikb.nl/imsikb0101" xmlns:immetingen="http://www.sikb.nl/immetingen" xmlns:gco="http://www.isotc211.org/2005/gco" xmlns:gmd="http://www.isotc211.org/2005/gmd" xmlns:gsr="http://www.isotc211.org/2005/gsr" xmlns:gss="http://www.isotc211.org/2005/gss" xmlns:gts="http://www.isotc211.org/2005/gts" xmlns:gml="http://www.opengis.net/gml/3.2" xmlns:om="http://www.opengis.net/om/2.0" xmlns:sam="http://www.opengis.net/sampling/2.0" xmlns:sams="http://www.opengis.net/samplingSpatial/2.0" xmlns:spec="http://www.opengis.net/samplingSpecimen/2.0" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://www.sikb.nl/imsikb0101 file:///C:/dev/SIKB0101_Protocol/XSDs%2014.8.0/imsikb0101_v14.8.0.xsd">
3 + <imsikb0101:metaData>
4 + <imsikb0101:application>urn:imsikb0101:Applicaties:id:1</imsikb0101:application>
5 + <imsikb0101:date>2013-09-07</imsikb0101:date>
6 + <imsikb0101:organisation>The Organization</imsikb0101:organisation>
7 + <imsikb0101:remarks>Example File LABRESULT</imsikb0101:remarks>
8 + <imsikb0101:reportDate>2013-07-07</imsikb0101:reportDate>
9 + <imsikb0101:sender>urn:imsikb0101:Bronhouders:id:54</imsikb0101:sender>
10 + <imsikb0101:supplier>urn:imsikb0101:Leveranciers:id:1</imsikb0101:supplier>
11 + <imsikb0101:version>14.8.0</imsikb0101:version>
12 + <imsikb0101:dataflow>urn:imsikb0101:DatastroomType:id:1</imsikb0101:dataflow>
13 + </imsikb0101:metaData>
14 + <!-- LabAssignment -->
15 + <imsikb0101:featureMember>
16 + <imsikb0101:LabAssignment gml:id="_ac5e3b6d-a0b2-4e26-af89-a2778712ff89">
17 + <imsikb0101:identification>
18 + <immetingen:NEN3610ID>
19 + <immetingen:namespace>www.sikb.nl</immetingen:namespace>
20 + <immetingen:lokaalID>ac5e3b6d-a0b2-4e26-af89-a2778712ff89</immetingen:lokaalID>
21 + </immetingen:NEN3610ID>
22 + </imsikb0101:identification>
23 + <imsikb0101:operatingLab>urn:immetingen:Meetinstantie:id:7</imsikb0101:operatingLab>
24 + <imsikb0101:startTime>2013-04-09T18:22:55</imsikb0101:startTime>
25 + <imsikb0101:customerCode>KN1234</imsikb0101:customerCode>
26 + <imsikb0101:remarks>Remarks about the LabAssignment</imsikb0101:remarks>
27 + <imsikb0101:endTime>2013-04-09T18:22:55</imsikb0101:endTime>
28 + <imsikb0101:belongsToProject xlink:href="#_015c6207-2bed-4f3b-bb40-8ab94079bff5"/>
29 + <imsikb0101:analysisRequest>
30 + <imsikb0101:SampleAnalysisRequest>
31 + <imsikb0101:nameOnLabCertificate>BO01-DM1 (10-50)</imsikb0101:nameOnLabCertificate>
32 + <imsikb0101:certificateOrder>0</imsikb0101:certificateOrder>
33 + <imsikb0101:labSampleType>12</imsikb0101:labSampleType>
34 + <imsikb0101:sampleCertification>urn:immeringen:CertificeringsCode:id:8</imsikb0101:sampleCertification>
35 + <imsikb0101:sample xlink:href="#_b1adf8f7-e0cd-4810-a93e-60580f34b3fa"/>
36 + <imsikb0101:status>
37 + <imsikb0101:LabAssignmentStatus>
38 + <imsikb0101:statusType>urn:immetingen:LabopdrachtStatus:id:5</imsikb0101:statusType>
39 + <imsikb0101:dateExpected>2013-07-28</imsikb0101:dateExpected>
40 + <imsikb0101:remarks>Remarks about the status</imsikb0101:remarks>
41 + </imsikb0101:LabAssignmentStatus>
42 + </imsikb0101:status>
43 + </imsikb0101:SampleAnalysisRequest>
44 + </imsikb0101:analysisRequest>
45 + <imsikb0101:projectLeader xlink:href="#_808ef96a-1323-45f8-bab1-afde379884d5"/>
46 + <imsikb0101:status>
47 + <imsikb0101:LabAssignmentStatus>
48 + <imsikb0101:statusType>urn:immetingen:LabopdrachtStatus:id:6</imsikb0101:statusType>
49 + <imsikb0101:dateExpected>2013-07-28</imsikb0101:dateExpected>
50 + <imsikb0101:remarks>Remarks about the status</imsikb0101:remarks>
51 + </imsikb0101:LabAssignmentStatus>
52 + </imsikb0101:status>
53 + <imsikb0101:certificate>
54 + <imsikb0101:LabAssignmentCertificate>
55 + <imsikb0101:complementOfCertificate>CERT21341</imsikb0101:complementOfCertificate>
56 + <imsikb0101:labCertificateNumber>CERT21342</imsikb0101:labCertificateNumber>
57 + <imsikb0101:certification>urn:immetingen:Certificeringscode:id:4</imsikb0101:certification>
58 + <imsikb0101:labCertificatePdfLink>https://www.example.com/cert/link.pdf</imsikb0101:labCertificatePdfLink>
59 + </imsikb0101:LabAssignmentCertificate>
60 + </imsikb0101:certificate>
61 + </imsikb0101:LabAssignment>
62 + </imsikb0101:featureMember>
63 + <!-- /LabAssignment -->
64 + <!-- Project -->
65 + <imsikb0101:featureMember>
66 + <imsikb0101:Project gml:id="_015c6207-2bed-4f3b-bb40-8ab94079bff5">
67 + <imsikb0101:identification>
68 + <immetingen:NEN3610ID>
69 + <immetingen:namespace>SIKB</immetingen:namespace>
70 + <immetingen:lokaalID>015c6207-2bed-4f3b-bb40-8ab94079bff5</immetingen:lokaalID>
71 + </immetingen:NEN3610ID>
72 + </imsikb0101:identification>
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